15 ноября 1991 года делегаты учредительной конференции приняли решение о создании Федерации профсоюзных организаций Томской области – новой профсоюзной структуры в современной России. Жизнь показала, что это было правильное решение.

Все последующие годы профсоюзы выдерживают давление со стороны работодателей и отдельных представителей государственных органов.

Главный инструмент работы профсоюзов сегодня – соцпартнёрство. В области выстроена система коллективно-договорного регулирования трудовых отношений, в основе которой – областное Соглашение между администрацией области, ФПО ТО и объединениями работодателей. Системным стало Региональное соглашение о минимальной зарплате в Томской области. С учётом их положений заключаются территориальные соглашения, отраслевые (тарифные) соглашения, колдоговоры в трудовых коллективах.