Средняя школа № 29 была создана в 1987 году.

Средняя школа № 29 преобразована в среднюю гуманитарно – эстетическую гимназию с углубленным изучением предметов гуманитарного и художественно – эстетического цикла предметов  (решение исполнительного комитета Совета народных депутатов Октябрьского района от 10.10.1991г. № 102 «О преобразовании средней школы № 29 в среднюю гуманитарно – эстетическую гимназию».

Средняя гуманитарно-эстетическая гимназия № 29 с углубленным изучением предметов гуманитарного и художественно – эстетического цикла предметов  преобразована в муниципальную гуманитарно-эстетическую гимназию № 29 (Постановление Главы администрации города Томска от 15.07.1993г. № 93).

Муниципальная гуманитарно-эстетическая гимназия № 29 преобразована в муниципальное общеобразовательное учреждение, гимназию № 29 г. Томска (приказ департамента образования Администрации города Томска «О переименовании муниципальных общеобразовательных учреждений г. Томска» от 27.03.2001г. № 153).
Муниципальное общеобразовательное учреждение, гимназия №29 г.Томска преобразована в муниципальное автономное общеобразовательное учреждение гимназию №29 г. Томска (постановление Администрации города Томска «О создании муниципального автономного общеобразовательного учреждения гимназии №29 г.Томска» от 07.10.2010г. № 1070).